NPO法人越後妻有里山協働機構は、「大地の芸術祭」で生まれた作品や施設、プロジェクトを通年事業として運営し、越後妻有を魅力ある地域にしていくために2008年設立。地元出身者や県内外からの移住スタッフで構成された約30名が働いています（2018年現在）。3年に1度の芸術祭はもちろん、合間の2年間の作品メンテナンス、企画展・イベント・ワークショップの開催、農業、ツアーの実施、グッズやお米の販売、食宿泊施設運営、それら全ての広報や誘客促進を主な業務とし、地元の方々やアーティスト、こへび隊、地元サポーターの皆さんに助けられながら従事しています。